ตามที่โรงไฟฟ้าเอสเอสยูทีได้เริ่มดำเนินการเชิงพาณิชย์ตั้งแต่เดือนธันวาคม 2559 เอสเอสยูทีมีการวางแผนบำรุงรักษาเครื่องจักรทั้งระยะสั้นและระยะยาวเพื่อให้เครื่องจักรอยู่ในสภาพดี มีการทำงานอย่างประสิทธิภาพและไม่ให้เกิดความเสี่ยงต่อปัญหาการเดินเครื่องจักรประจำวัน เอสเอสยูทีได้ดำเนินการป้องกันความเสี่ยงโดยการทำสัญญาการซ่อมแซมและบำรุงรักษาเครื่องจักรในระยะยาว (Long Term Service Agreement) กับบริษัท ซีเมนส์ จำกัด ซึ่งมีความเชี่ยวชาญในเครื่องกังหันก๊าซ มีประสบการณ์ในการเดินเครื่องและบำรุงรักษาโรงไฟฟ้าพลังงานความร้อนร่วม ซึ่งจะดูแลตรวจสอบการใช้งานของอุปกรณ์ต่างๆในกังหันก๊าซ ตามแผนการซ่อมบำรุง รวมถึงมีการอบรมความรู้ให้แก่พนักงานด้วย นอกจากนี้เอสเอสยูทียังได้มีการทำประกันภัย 3 ประเภท ได้แก่

- Machinery Breakdown ซึ่งคุ้มครองความเสียหายต่อทรัพย์สิน รวมถึงเครื่องจักรและอุปกรณ์
- Business Interruption เพื่อป้องกันความเสียหายจากการหยุดชะงักของการดำเนินงาน และ
- Third Party Liability เพื่อป้องกันความเสียหายต่อบุคคลที่สาม หรือนอกโครงการ

ถึงแม้ว่าเอสเอสยูทีจะมีการป้องกันความเสี่ยงตามเครื่องมือข้างต้น เอสเอสยูทียังจำเป็นต้องมีการวางแผนงานการผลิตและซ่อมบำรุงที่มีประสิทธิภาพ รวมถึงบุคคลากรที่มีคุณภาพซึ่งสามารถลดความเสี่ยงด้านการดำเนินงานได้

ก๊าซธรรมชาติเป็นวัตถุดิบหลักหรือเชื้อเพลิงหลักของโรงไฟฟ้าเอสเอสยูที ซึ่งมีผู้จำหน่ายแต่ผู้เดียวคือ บริษัท ปตท. จำกัด (มหาชน) จัดส่งโดยทางท่อ ปตท.นำก๊าซธรรมชาติจากแหล่งผลิตในประเทศเป็นส่วนใหญ่และมีการนำเข้าจากประเทศเพื่อนบ้านคือประเทศพม่า การที่มีผู้ขายน้อยรายเช่นนี้เป็นความเสี่ยงหากปตท.มีปัญหาการได้รับก๊าซธรรมชาติจากแหล่งผลิตหรือระบบการขนส่งทางท่อเกิดปัญหา ค่าใช้จ่ายของการซื้อวัตถุดิบหลักของเอสเอสยูทีนั้นมากกว่าร้อยละ 30 ของยอดต้นทุนขาย ดังนั้นเอสเอสยูทีจึงได้ทำสัญญาซื้อก๊าซธรรมชาติกับบริษัท ปตท จำกัด (มหาชน) ตั้งแต่วันที่ 2 ธันวาคม 2555

ไฟฟ้าส่วนที่เหลือจากการจำหน่ายให้กับ กฟผ. จำนวน 60 เมกะวัตต์ และไอน้ำ 60 ตันต่อชั่วโมงนั้น เอสเอสยูทีมีแผนการจำหน่ายให้แก่ผู้ประกอบการในนิคมอุตสาหกรรมบางปู หากภายหลังการทำสัญญาซื้อขายไฟฟ้าและไอน้ำกับลูกค้าในนิคมอุตสาหกรรมแล้วลูกค้าเกิดประสบปัญหาตามภาวะเศรษฐกิจซึ่งมีผลกระทบต่ออุตสาหกรรมของลูกค้า อาจทำให้เกิดความเสี่ยงต่อรายได้และผลตอบแทนจากการลงทุน แต่กลุ่มผู้ประกอบการเหล่านี้ดำเนินธุรกิจอยู่ในหลากหลายอุตสาหกรรม และอยู่ในนิคมอุตสาหกรรมบางปูมาเป็นระยะเวลาหนึ่ง ซึ่งช่วยลดความเสี่ยงที่ผู้ประกอบการจะไม่ซื้อไฟฟ้าอันเนื่องจากเกิดจากภาวะปัญหาเศรษฐกิจ และ/หรือย้ายฐานการผลิตตามทิศทางอุตสาหกรรมของลูกค้า นอกจากนี้ทำเลที่ตั้งของโครงการโรงไฟฟ้ายังอยู่ในนิคมอุตสาหกรรมบางปู ใกล้กับผู้ประกอบการอุตสาหกรรมต่าง ๆ เอสเอสยูทีมีการให้ส่วนลดค่าไฟฟ้าต่อหน่วยแก่ผู้ประกอบการจากอัตราซื้อขายไฟฟ้าตามประกาศของ กฟน. สามารถช่วยลดความเสี่ยงนี้ได้ หากมีการสูญเสียผู้ประกอบการไปบริษัทคาดว่าจะสามารถหาผู้ประกอบการรายใหม่ทดแทนได้ อย่างไรก็ตาม หากเอสเอสยูทีมีการดำเนินการและแผนการซ่อมบำรุงที่ไม่มีประสิทธิภาพ ซึ่งอาจทำให้ไม่สามารถส่งกระแสไฟฟ้าหรือไอน้ำตามปริมาณที่ตกลงกันตามสัญญาได้ อาจจะมีความเสี่ยงให้ลูกค้าสามารถยกเลิกสัญญาได้ถ้าความเสียหายดังกล่าวส่งผลกระทบอย่างรุนแรงต่อการดำเนินกิจการของลูกค้าผู้ประกอบการในนิคมอุตสาหกรรม

เอสเอสยูทีมีรายการที่เป็นสกุลเงินตราต่างประเทศในการจัดหาเงินและในการดำเนินงาน เช่น เงินฝากธนาคาร เงินกู้ยืม การชำระดอกเบี้ย การชำระค่าก่อสร้างและซื้อเครื่องจักรเป็นเงินตราต่างประเทศซึ่งมีความผันผวนของอัตราแลกเปลี่ยน บริษัทได้มีการบริหารความเสี่ยงโดยเข้าทำธุรกรรมสัญญาซื้อขายเงินตราต่างประเทศล่วงหน้า (Forward Contract) ซึ่งจะต้องมีการชำระเงินต้นทุก 6 เดือนและดอกเบี้ยทุก 3 เดือน

เนื่องจากเอสเอสยูทีมีเงินกู้ระยะยาวกับสถาบันการเงิน ทำให้มีภาระดอกเบี้ยจ่ายค่อนข้างสูง ดังนั้นหากอัตราดอกเบี้ยเปลี่ยนแปลงเพิ่มขึ้นจะส่งผลโดยตรงต่อต้นทุนทางการเงิน เอสเอสยูทีได้ดูแลการจัดทำ Interest rate swap จากอัตราดอกเบี้ยลอยตัวเป็นอัตราดอกเบี้ยคงที่หากมีการเพิ่มขึ้นของอัตราดอกเบี้ย หรือในทางกลับกันหากอัตราดอกเบี้ยลดลงก็สามารถปรับเปลี่ยนจากอัตราดอกเบี้ยคงที่เป็นอัตราดอกเบี้ยลอยตัวได้เพื่อลดความเสี่ยงจากอัตราดอกเบี้ย ณ ปัจจุบัน หากมีการปรับตัวของอัตราดอกเบี้ยเงินกู้เพิ่มขึ้น ผลกระทบนั้นมีน้อยมาก

ปัจจุบันเอสเอสยูที มีการบริหารงานภายใต้กฎหมาย หลักเกณฑ์และระเบียบที่เข้มงวดของทางราชการตลอดอายุสัญญา หากมีการเปลี่ยนแปลงกฎหมาย หลักเกณฑ์ และระเบียบต่างๆ ย่อมมีผลกระทบโดยตรงต่อการดำเนินงาน

ในปี 2562 - 2563 บริษัทอยู่ในระหว่างการแสวงหาโครงการลงทุนใหม่ในธุรกิจพลังงานสะอาดมาทดแทนธุรกิจในบริษัทย่อย - บุญเอนก ให้ได้ก่อนการโอนหุ้นสามัญทั้งหมดของบุญเอนกออกให้แก่ผู้ซื้อตามสัญญาซื้อขายโดยบริษัทมุ่งเน้นในธุรกิจพลังงานสะอาดที่มีคุณภาพ มีประสิทธิภาพและมีประสิทธิผลในการใช้งาน ไม่สร้างปัญหาให้แก่สิ่งแวดล้อม สามารถสร้างผลตอบแทนที่ดีและมั่นคงให้แก่บริษัทในระยะยาวอย่างยั่งยืน และจะต้องเป็นผลดีต่อผู้ถือหุ้น ดังนั้นบริษัทจึงได้มีการพิจารณาโครงการลงทุนอย่างรอบคอบและรัดกุมตั้งแต่การแสวงหาโอกาสในการลงทุนจนถึงการขออนุมัติการลงทุน ซึ่งคณะกรรมการบริหาร และคณะกรรมการบริหารความเสี่ยงจะพิจารณาประเมินความเสี่ยง และมาตรการจัดการความเสี่ยง ประกอบการพิจารณาอนุมัติของคณะกรรมการบริษัท